Дом милосердия при кафедральном храме Иверской иконы Божией Матери имени преподобномученицы великой княгини Елисаветы открыт в 2006 году на базе переданного Приходу здания психоневрологического и наркологического диспансера. Общая площадь здания – более 700 кв.м. После капитального ремонта здесь располагается детская воскресная школа «Ковчег», актовый (и одновременно хореографический) зал, библиотека с читальным залом, классные комнаты, мастерские, гараж, склады, просфорная, трапезная, кухня, музей традиционной народной культуры, настоятельская, бухгалтерия, небольшая гостиница, два туалета и душевые комнаты. Дом милосердия имеет собственную газовую котельную, водоснабжение и канализацию.

Дом милосердия используется для:

- проведения епархиальных и благочиннических собраний;

- проведения приходских и общеприходских праздников;

- проведения семинаров, встреч, концертов, выставок, огласительных бесед;

- проведение занятий детской и взрослых приходских школ.

Ежедневно в Доме милосердия организуется двухразовое питание для сотрудников прихода и добровольных помощников, а также для священников, приезжающих по своим делам в епархию. Дом милосердия принимает паломников и гостей Прихода и Епархии.

На базе Дома милосердия осуществляется ряд проектов:

- «Дорога к храму» - программа для учащихся 4-5 классов, изучающих предмет «Основы православной культуры»;

- «Дни семьи в Алатыре»

- Межрегиональный благотворительный фестиваль творчества инвалидов «Во имя жизни»;

- «Дни славянской письменности и культуры»;

- приходские и общеприходские Рождественские елки.

Через Дом милосердия осуществляется помощь продуктами и вещами малообеспеченным и многодетным семьям, женщинам в кризисной беременности, заключенным женской Алатырской колонии ИК-2.