Начиналась Чебоксарско-Чувашская епархия с христианской миссии, положенной первым казанским архиепископом святителем Гурием в 1555г. Благодаря его апостольским трудам народы Поволжья – татары, чуваши, мордва, марийцы и удмурты - были просвещены светом христианской веры. Однако после кончины святителя Гурия и его сподвижников, святителей Германа и Варсонофия, дело христианского просвещения инородцев Поволжья стало сильно ослабевать и даже приобрело формальный характер. Язычники – чуваши активно принимали христианство и затем также в массовом количестве отпадали от него.
В XVIII веке Правительство приняло ряд мер, направленных к обращению в христианство нерусских народов Поволжья. Однако, они имели лишь внешний эффект, мало способствовавший внутреннему усвоению христианской веры. Язычники привлекались чаще всего материальными выгодами: освобождением от податей, от рекрутской повинности или от работ на государственных заводах. Такая «миссия» не только не оказывала Церкви никакой помощи, но чаще всего мешала миссионерству.
Главным камнем преткновения для распространения христианства в Поволжье был язык проповеди, непонятный для большинства местного населения.
Лишь к середине XIX в. в деле христианского просвещения Поволжья произошли существенные изменения. Связаны они в первую очередь с деятельностью великого просветителя инородцев Н.И. Ильминского. Николай Ильминский дал толчок миссионерскому движению, который выразился, прежде всего, в переводе Евангелия и богослужебных книг на родные языки, в открытии народных школ и подготовке преподавателей из местного населения. Так, среди чувашей идеи Н.И. Ильминского воплотил в жизнь выдающийся чувашский ученый – педагог и просветитель И.Я. Яковлев.
В 1854г. было учреждено, в помощь Казанскому архиерею, Чебоксарское викариатство. 29 января (11 февраля) Святейшим Синодом избран, а 30 января (12 февраля) утвержден Государем Императором, викарий Казанской епархии, бывший ректор Ярославской Духовной Семинарии, архимандрит Никодим (Казанцев; 1854 – 1861 г.г.). Его хиротония во епископа Чебоксарского была совершена 14 (27) февраля 1854г. в Казанском соборе Санкт-Петербурга.
В обязанности епископа Чебоксарского, викария Казанской епархии, входило заведывание делами Чебоксарского духовного училища и его ревизия, решение вопросов, касающихся псаломщиков, дел о просфорнях; разрешение браков и дел исковых о расторжении браков; определение старост к сельским церквям; рассматривание происшествий в церквях, иски с духовных лиц по долговым обязательствам; назначение епитимии светским лицам по приговорам светских судов; выдача метрических свидетельств и утверждение опекунов к малолетним сиротам по смерти лиц духовного звания, а также управление Кизическим – Введенским монастырем близ Казани.
На протяжении всего времени существования викарной кафедры Чебоксарский епископ жил в Казани. Среди Чебоксарских викариев было много преосвященных архиереев, которые оставили заметный след в жизни Русской Православной Церкви и Российского государства. Так, трудами епископа Гурия (Карпова; 1861 - 1867), в прошлом члена Пекинской Духовной Миссии, было открыто в Казани в 1867г. Братство во имя святителя Гурия, в задачу которого входило создание школ и открытие храмов, обучение миссионеров и переводы богослужебной литературы, основание приютов и рабочих общин для просвещения народов Поволжья. В период с 1897 по 1899 г.г. Чебоксарскую викарную кафедру занимал епископ Антоний (Храповицкий), бывший также еще и ректором Казанской Духовной Академии. После Октябрьского переворота, в 1921г., он стал первоиерархом Русской Православной Церкви за границей.
Революционные преобразования в России привели к серьезным потрясениям и в церковной жизни.
24 июня 1920г. была образована Чувашская Автономная область из земель Казанской и Симбирской губерний. Новая власть стала поощрять церковный сепаратизм. В среде духовенства появились модернистские группировки, так называемые сторонники «Живой Церкви», призывавшие к революции в Церкви и к всестороннему обновлению. В Чувашской Автономной области обновленцы стали захватывать приходы, требуя «чувашскую автокефальную церковь». Назначенный во II-й половине 1920 года на Чебоксарскую кафедру епископ Афанасий (Малинин) встретил здесь сильное противодействие и был вынужден жить в Казани.
На борьбу с церковным расколом и обновленчеством Святейший Патриарх Тихон поставил преосвященного Германа (Кокеля), епископа Алатырского, викария Симбирской епархии. Его трудами уже в I-й половине 1925г. из 299 приходов Чувашской Автономной области 159 воссоединились с Матерью-Церковью. При помощи ОГПУ обновленцы выдворили епископа Германа за пределы Чувашии, и в 1937г. он был расстрелян. В 2001г. имя святителя Германа (Кокеля) было включено в прославленный Собор новомучеников и исповедников Российских.
21 апреля 1925г. Чувашская Автономная область была преобразована в Чувашскую Автономную Республику. Архиепископ Чебоксарский Афанасий (Малинин) так и не был допущен на свою кафедру. Его преемник епископ Аркадий (Ершов; 1930 - 1931) был арестован в 1931г. и приговорен к 3 годам ссылки. После своего освобождения в 1935г. он несколько месяцев занимал Свердловскую кафедру, а в 1937 году был расстрелян. Святитель Аркадий прославлен был на Юбилейном Архиерейском соборе 2000г., и его имя тоже включено в Собор новомучеников и исповедников Российских.
30 – 40-е г.г. XX столетия ознаменовались массовым закрытием церквей на территории Чувашии. Оставшиеся приходы в церковном отношении были подчинены Горьковскому епископу, поскольку с 1929 по 1936 г.г. Чувашская Автономная Республика находилась в составе Горьковского Края. В это же время прекратило свое существование обновленческое управление в Чувашии.
С первого дня Великой Отечественной войны 1941 – 1945 г.г. Русская Православная Церковь заняла твердую патриотическую позицию, призвав своих чад встать на защиту Родины. В трудные военные годы в храмах Чувашии собирались пожертвования на нужды фронта, возносилась горячая молитва о победе, об упокоении павших, о тех, кто сражался на поле брани, о трудившихся в тылу и об избавлении пленных. Только за первые шесть месяцев 1944г. духовенством и мирянами Чебоксарского Введенского собора было собрано более 100 тыс. рублей на сооружение танковой колонны имени Дмитрия Донского. Патриотическая позиция Церкви побудила Советское правительство к изменению религиозной политики.
Послевоенные годы ознаменовались ярким, хотя и кратковременным возрождением церковной жизни: люди стали обращаться к гонимой вере, а оставшиеся в живых священнослужители были освобождены из лагерей и смогли возобновить служение в храмах Православной Церкви. Важнейшим событием церковной жизни для верующих Чувашии явилось замещение вдовствующей Чебоксарской архиерейской кафедры.
Чебоксарско-Чувашская епархия стала самостоятельной согласно «Положению об управлении Русской Православной Церковью» от 1945г. В частности, в третьем разделе «Положения» определено, что границы епархий должны совпадать с гражданскими административными границами – областными, краевыми, республиканскими. Указом Святейшего Патриарха Алексия I (Симанского) от 3 января 1946г. на Чебоксарско- Чувашскую кафедру был назначен епископ Иларий (в миру – Петр Григорьевич Ильин). Несмотря на преклонные годы, а преосвященному Иларию было уже 75 лет, он все свои силы отдавал делу управления епархией и своим кротким, любвеобильным сердцем стяжал к себе горячую любовь духовенства и паствы.
Преемникам архиепископа Илария (Ильина; 1946 - 1951) по Чебоксарско-Чувашской кафедре - епископу Иову (Кресовичу; 1951 - 1953) и архиепископу Мануилу (Лемешевскому; 1955 - 1960) - пришлось пережить новый тяжелый удар по Церкви. Результатом антирелигиозной кампании середины 50-х – начала 60-х годов XX в. стало закрытие в Чувашии 6 церквей.
В 70-е годы того же XX столетия церковная жизнь оставалась относительно стабильной по сравнению с предыдущим десятилетием. Однако серьезной оставалась кадровая проблема и жесткий тотальный контроль со стороны государства за всеми проявлениями церковной жизни. В период с 1960 по 1972 г.г. Чебоксарскую кафедру возглавлял архиепископ Николай (Феодосьев), с 1972 по 1973 г.г. временно управлял кафедрой епископ Куйбышевский Иоанн (Снычев), а с 1973 по 1976 г.г. – архиепископ Вениамин (Новицкий).
В 1976г. крест святительского служения достойно взял на себя епископ Варнава.
Высокопреосвященнейший Митрополит Чебоксарский и Чувашский Варнава (в миру – Владимир Викторович Кедров) родился 21 апреля 1931г. в селе Высокое Рязанской области в благочестивой семье потомственных священников.
В детстве Владыка любил посещать храмы и монастыри. На богослужения он ходил с родственниками в город Рязань, в кладбищенский храм в честь иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость». Кроме того, юный Владимир прислуживал в алтаре Свято-Троицкого храма с. Бахмачеево, где служил его двоюродный дядя протоиерей Петр Смирнов – молитвенник и подвижник благочестия, обладавший даром исцеления болящих и прозорливостью. С 1953 по 1955 г.г. Владимир иподиаконствовал у рязанского архиепископа Николая (Чуфаровского), а в мае 1955г. принял решение, которое коренным образом изменило его жизнь – поступил послушником в Свято-Троицкую Сергиеву Лавру.
10 декабря 1955г. послушник Владимир Кедров был пострижен в мантию наместником Лавры архимандритом Пименом (Извековым; в послед. – Патриарх) в честь святого апостола Варнавы. «Твое имя означает «сын утешения», - сказал при постриге архимандрит Пимен, - и твоя жизнь должна служить утешением для других».
В смирении и безропотном послушании начался путь монаха Варнавы. 15 февраля 1956г. Святейший Патриарх Алексий I рукоположил его в сан иеродиакона, а 9 марта 1957г. – во иеромонаха. В период с 1956 по 1974 г.г. священноинок Варнава нес послушание ризничного Свято-Троицкой Сергиевой Лавры. За заслуги перед святой обителью отец Варнава был удостоен в 1960г. сана игумена, а в 1965г. – архимандрита. Кроме того, в 1971г. он принял участие в Поместном Соборе от братии Троице-Сергиевой Лавры и в комиссии по проведению Собора, в должности заместителя председателя.
Однажды юный Владимир Кедров услышал от схимонаха Георгия такие слова: «Готовься, скоро будешь архиереем, паства у тебя будет благочестивая». Они оказались пророческими.
Промыслом Божиим архимандрит Варнава был поставлен на новое ответственное церковное послушание – архиерейство на Чебоксарско-Чувашской кафедре. Хиротония во епископа Чебоксарского и Чувашского состоялась 30 ноября 1976г. в Трапезном храме дорогой сердцу Владыки Варнавы Свято-Троицкой Сергиевой Лавры. Возглавил хиротонию Святейший Патриарх Пимен (Извеков).
Вот уже 30 лет возглавляет Чебоксарско-Чувашскую епархию Высокопреосвященнейший Митрополит Варнава. Начав свое служение в сане епископа, а в 1984г. ставший архиепископом, в 2001г. за неустанные труды на благо Церкви он был возведен в митрополита.
На долю Митрополита Варнавы выпало особое служение: соблюсти то малое наследие, которое сохранили от разорения его предшественники, чебоксарские архиереи – исповедники, в годы государственного атеизма, а затем и приумножить его во славу Божию и на благо Русской Православной Церкви. Если к приезду Владыки Варнавы в Чувашии было лишь 35 приходов, то за время служения его на кафедре было возрождено и вновь открыто 217 приходов, подняты из руин 7 монастырей (3 мужских и 4 женских), восстановило учебный процесс Чебоксарское Епархиальное Духовное училище. Динамичное развитие Чебоксарско-Чувашской епархии, о чем свидетельствуют благолепные храмы и монастыри, заставило учредить в 2005г. в древнем городе Алатыре викарную кафедру. Викарий Чебоксарской епархии, епископ Алатырский Савватий является первым помощником Митрополита Варнавы в управлении приходами епархии.
По благословению Митрополита Варнавы в начале 90-х г.г. XX столетия начался перевод Библии на чувашский язык. Это бесценный дар для всего чувашского народа. «Если мы не переведем Библию на чувашский язык, то будущие поколения не переведут никогда», - заметил Владыка Варнава на одном из заседаний Библейской комиссии.
При непосредственном участии Его Высокопреосвященства была создана оптимальная модель церковно-государственных отношений в Чувашской Республике. Это служение Владыки в жизни Чувашии и ее народа отмечено Орденом Дружбы, Почетной грамотой Чувашской Республики, званием Почетного гражданина города Чебоксары, а также званием лауреата Государственной премии РФ в области науки и техники - за участие в возрождении исторической части г.Чебоксары и строительства «Дороги к храму».
Огромным событием для всей Чувашии стали первосвятительские визиты Святейшего Патриарха Алексия II в 1996 и 2001 г.г. Для духовенства и мирян драгоценны воспоминания о богослужениях, совершенных Его Святейшеством в храмах епархии, а также о закладке в 2001г. нового храма в честь святой мученицы Татианы, архитектурной жемчужины города Чебоксары. который был построен и освящен в сентябре 2006 года.
Решением Священного Синода Русской Православной Церкви был определен викарий Чебоксарской епархии, епископ Алатырский Савватий (Антонов) наместник Свято-Троицкого монастыря города Чебоксары. Архиерейская хиротония бала совершена в 30 января 2005года в храме Христа Спасителя г. Москве.Викарий прослужил в епархии до10 октября 2009 года, когда решением Священного Синода был назначен епископом Улан-Уденским и Бурятским.
Последние 60 лет самостоятельности Чебоксарско-Чувашской епархии были нелегкими для нашего Отечества и нашего многострадального народа, испытавшего на себе опыт атеистического воспитания, экономические неурядицы, взаимное недоверие и утрату нравственных ориентиров. После изменений последних 15 лет в нашем обществе, народная вера и усердие на наших глазах подняли из руин храмы и монастыри. Но все это лишь внешние проявления возрождения и преображения души и сердца человека. Ничто так не облагораживает и не возвышает достоинство человеческой личности, как вера в Бога.
Решением Священного Синода от 4 октября 2012 г. (журнал № 91) из состава епархии выделены Алатырская иКанашская епархии. Чебоксарская епархия включена в состав Чувашской митрополии.